تم افتتاح كلية الفجيرة للطالبات في العام 1999 وأقيم حفل الافتتاح الرسمي في 11 مارس 2000 حيث قام صاحب السمو الشيخ حمد بن محمد الشرقي، حاكم الفجيرة، بكشف النقاب عن لوحة تذكارية بحضور معالي الشيخ نهيان مبارك آل نهيان، وزير التعليم العالي والبحث العلمي، رئيس مجمع كليات التقنية العليا.